基础数学系创建于2004年,基础数学是数学科学的核心。它不仅是其它应用性数学分支的基础，而且也为自然科学、技术科学及社会科学提供必不可少的语言、工具和方法。该系拥有博士、硕士学位授予权,数学博士后流动站。全系教师共计 14人，其中教授2人，副教授 5人，讲师7人。具有博士学位者达12人，其余为在读博士。在职教师中博士生导师3人（其中1人为副教授），硕士生导师5人。目前，共有23名硕士和12名博士研究生。
    基础数学系包括三大方向：代数，几何与函数论。主要研究方向:李代数,李超代数及其应用,同调代数与K理论,有限群的不变式理论；奇点理论,非交换几何，黎曼几何,辛几何,双曲几何,微分拓扑,低维拓扑,矩阵几何学；算子理论,函数逼近论，泛函分析等。
博士生招生方向分别是李超代数；奇点理论；非交换几何。硕士生招生方向分别是：李理论及其应用;奇点理论，非交换几何，低维拓扑；算子理论与算子代数，C*-代数等。
    目前主持国家自然科学基金项目4项，参加国家自然科学基金重点项目2项，正在进行研究的国家自然科学基金面上项目 6项、省（市）部委基金项目1 项,1人获得教育部新世纪人才基金,1人获钟嘉庆奖,1 人获全国模范教师。另外3名青年教师获得东师青年学者称号。近五年,在重点学术刊物上发表论文40余篇,其中SCI检索30余篇。
    该系主要有以下两个优势科研方向：拓扑学和李代数。
    拓扑学：拓扑学研究团队主要从事奇点理论及其应用方面的研究。该研究团队应用映射的奇点理论对拟欧氏空间和双曲空间的曲线、曲面及子流形的奇点进行了较完整的分类，并且揭示了这些奇点与几何学不变量之间的关系。系列研究成果发表在国内外重要的杂志上，如《Proc. London Math. Soc.》、《J. London Math. Soc.》、《Israel J. Math.》、《Proc. Edinb. Math. Soc.》、《Proc. Roy. Soc. Eginburgh Sect. A》、《Glasg. Math. J.》、《Publ. Math. Debrecen》、《Tohoku Math. J. 》、《Asian J. Math. 》、《Sci. China Ser. A》等，受到国外同行的关注和引用。近年来在国内外重要刊物上共发表学术论文35篇，其中SCI检索论文15篇. 一人入选教育部新世纪人才培养计划，现（曾）主持国家自然科学基金面上项目3项，教育部留学归国人员启动基金项目2项，组织过3次国际学术会议。目前该研究方向具有结构合理的学术梯队已成为国内外奇点理论及其应用研究的中心之一。
    李代数：该研究团队主要从事李代数和李超代数理论及其应用方面的研究。该研究团队在小特征模李代数、Cartan型李超代数以及限制李超代数等方面，取得了一系列较为深刻的研究结果，为有限维模李超代数的分类最终解决奠定了基础。系列研究成果发表在国内外重要的杂志上，如《J. Alg.》、《J.Pure.Appl.Alg.》、 《Comm. Alg.》 、《Int. J.Alg.Comput.》、 《J.Aust. Math. Soc.》、 《Phys. Lett. A》、 《Science in China》等，受到国内外同行的关注和引用。共发表了80多篇研究论文，其中SCI检索30余篇。近年来主持教育部科学技术重点项目1项，国家自然科学基金资助项目1项；承担国家自然科学基金项目3项，并曾获得教育部科技进步奖1项，吉林省科技进步奖1项，组织过1次全国学术会议。目前该研究方向具有结构合理的学术梯队，已成为国内外模李超代数的重要研究团队之一。
    该系注重学生数学基础知识和专业知识的学习，重视培养学生的独立思考和分析、以及创新能力。使毕业生具有扎实的数学理论基础和借助数学和计算机技术解决实际课题的能力，从而具备了较广泛的适应性和较强的发展潜力，能够独立承担基础数学的教学工作，以及具有从事现代数学前沿问题的研究能力。